同仁堂十大子公司分别为：同仁堂股份有限公司、同仁堂科技发展股份有限公司、同仁堂（香港）国药有限公司、同仁堂健康药业集团、同仁堂商业投资集团、药材参茸投资集团、同仁堂制药公司、同仁堂麦尔海生物技术有限公司、中药配方颗粒投资公司、北京同仁堂国际有限公司。
1992年7月中国北京同仁堂集团公司组建成立，2000年5月成立了北京同仁堂科技发展股份有限公司，同年10月在香港创业板上市，实现了国内首家A股分拆成功上市。五月成立了同仁堂麦尔海生物技术有限公司，开始了向生物工程领域的初步探索。
2000年10月在香港成立了同仁堂和记（香港）药业发展有限公司，为同仁堂产品进入国际主流市场迈出了关键一步。2010年7月由北京市政府授权的中国北京同仁堂（集团）有限责任公司正式揭牌。这标志着同仁堂实现了规范化的公司制的转变，也是体制上的一次重大变革。
目前，同仁堂已经配套形成了十大公司、两大基地、两个院、两个中心的“ 1032工程”。横跨现代制药工业、零售医药商业和医疗服务三大板块，同仁堂的宗旨是以现代中药为核心，发展生命健康产业、国际驰名的中医药集团，全面提升同仁堂现有的生产经营及管理水平。
