零余额账户是指财政部门为本部门和预算单位在商业银行开设的账户，用于财政直接支付和财政授权支付及清算。零余额账户的性质决定了其在国库单一账户体系和财政支付管理中具有重要作用，是实现财政集中支付的桥梁。
财政部门零余额账户用于财政直接支付，在国库会计中使用，每日发生的支付，于当日营业终了前与国库单一账户清算；营业中单笔支付额5000万（含5000万）元人民币以上的，应及时与国库单一账户清算。
预算单位零余额账户用于财政授权支出，每日发生的支付，于当日营业终了前由代理银行在财政部批准的用款额度内与国库单一账户清算；预算单位零余额账户在行政单位会计和事业单位会计中使用。
最后就是，在零余额账户模式下，资金转移是通过零余额账户的支付与清算活动实现的，预算支出先由零余额账户向商品或劳务供应商账户支付，然后国库单一账户向零余额账户支付清算，完成整个支付过程。
