12世纪晚期，镰仓建立第一个幕府。
在几百年的时间里，武士阶层的力量继续壮大。这一发展带来的一个政治结果是，两个武士政府或称幕府相继组建。
第一个是镰仓幕府，12世纪80年代成立。但是它无法凭借一己之力，统管整个国家。在若干重要方面，它不得不与天皇代表的文官政府分享权力。
但是，1336 年，第二个武士政府室町幕府成立，并且在14世纪末稳坐江山。在室町幕府的统治下，武士阶层有能力侵蚀天皇的文官权威。在15世纪的前50年中，室町幕府的权力达到巅峰，武士阶层在许多方面实质上统治整个国家。
那时，文官政府并未失去全部权力，依然有助于室町幕府合法化。但是，室町幕府将其玩弄于股掌之间，几乎随心所欲地利用文官政府满足自己的政治需要。
1333年，镰仓幕府灭亡。15世纪末，室町幕府的势力开始减弱。其原因在于，在政治和军事两个方面，幕府遇到了武士阶层内部提出的挑战。
在日本历史上，第三个也是最后一个幕府是德川幕府。
1600年，德川幕府统一各派地方武士势力，结束了曾让室町幕府束手无策、持续时间长达百年的内战，接管了国家政权。德川幕府政权稳固，统治了267年，与天皇代表的文官政府几乎没有什么重大联系。
至此，近500年之前建立镰仓幕府的武士阶层达到了权力之巅。
