1、形成原因不同。同业存款，因支付清算和业务合作等的需要，由其他金融机构存放于商业银行的款项。同业存单作为同业存款的替代品出现，完善同业借贷市场Shibor报价的短、中、长期利率曲线。2013年8月，央行已考虑在银行间市场尝试发行同业存单，并择机推出相关政策，以此掀起存款利率市场化改革的前奏。
2、性质不同。同业存单指存款类金融机构在全国银行间市场上发行的记账式定期存款凭证，其投资和交易主体为全国银行间同业拆借市场成员、基金管理公司及基金类产品。存款类金融机构可以在当年发行备案额度内，自行确定每期同业存单的发行金额、期限，但单期发行金额不得低于5000万元人民币。同业存款指信用社以及财务公司、信托公司等非银行金融机构开办的存款业务。属于对公存款种类，一般情况都会对其进行利率浮动，浮动比例与银行协商。
3、特点不同。同业存款根据中国人民银行规定能够从事该业务的交易主体。信誉优良，实力雄厚，满足短期资金需求，及时调剂外汇头寸的需要，配合对手方进行科学的流动性管理，为交易对手提供畅通的融资渠道。同业存单期限不超过1年，为1个月、3个月、6个月、9个月和1年，可按固定利率或浮动利率计息，并参考同期限上海银行间同业拆借利率定价。
