现存哺乳动物分属三个亚纲：
原兽亚纲 ·单孔目
后兽亚纲 ·负鼠目 ·鼩负鼠目 ·袋鼬目 ·袋狸目 ·袋鼹目 ·袋鼠目 ·智利负鼠目
真兽亚纲
现存哺乳动物中物种最多的六个目，属于胎盘动物。其中，物种最多的三个目是啮齿目（鼠、豪猪、海狸、水豚等哺乳动物）、翼手目（蝙蝠）和真盲缺目（鼩鼱、鼹鼠、沟齿鼩等）。
接下来的三大目取决于选择什么分类方法，可以是灵长目（如猿、猴和狐猴）、鲸偶蹄目（如鲸和偶蹄目）和食肉目（如猫、狗、 鼬、熊、海豹等）。现已知哺乳动物物种共6495个，其中包括96个最近灭绝的物种。
