1、外观不同：CR400AF与CR400BF均由国外公司设计外观，CR400AF在试验时样车用的蓝色涂装，当时大家称它为“蓝海豚”，后来量产车型采用了红色涂装，“红神龙”绰号由此而来，本身在外观设计时该车型就考虑了中国龙设计元素，其次该车型车身以银灰色为主，与其他白色车身的动车组区别挺大。CR400BF设计时参考了中国神话故事金凤的凤眼与凤羽元素，与AF系列的中国龙元素对应。该车型在样车试验时，也不是现在这种涂装，当时样车确实不怎么好看。后来量产车重新更换了涂装，“车灯如凤眼，腰线似凤羽”才凸显出来。
2、设计和生产厂家不同：CR400AF是由中车青岛四方机车有限公司设计的，CR400BF是由中车长春轨道客车有限公司设计的，两者又在之前设计生产了CRH380A和CRH380B，它们之间有什么联系，在后面技术来源上讲。CR400AF生产厂家为中车青岛四方机车和BST，CR400BF生产商为中车长春轨道客车和唐山机车。
3、技术来源不同：前面说到了青岛四方机车即设计生产了CRH380A，又设计生产了CR400AF，后者肯定借鉴了前者的技术，从车头上讲CR400AF更偏向CRH380A的扁平流线型造型。
