二者的主要区别如下：
第一、 种类不同：其中水葱是莎草科藨草属植物；而水韭则是水韭科水韭属植物。
第二、 外观不同：水葱的匍匐根状茎粗壮，具许多须根，其秆高大，圆柱状，最上面一个叶鞘具叶片，叶片线形，苞片1枚，为秆的延长，直立，钻状，常短于花序，极少数稍长于花序，长侧枝聚繖花序简单或复出，假侧生，小穗单生或2-3个簇生于辐射枝顶端，卵形或长圆形，顶端急尖或钝圆，具多数花，小坚果倒卵形或椭圆形，双凸状，少有三稜形，长约2毫米；而水韭是多年生沼地生植物，植株高15-30厘米；根茎肉质，块状，向上丛生多数向轴覆瓦状排列的叶，叶多汁，草质，鲜绿色，线形。
