关于日本人的民族来源，尚无定论。
关于日本岛居民的民族来源，学术界通常的说法是，大约从新石器时代日本岛才开始有居民，最早的日本居民是从北方大陆移来的通古斯人，以后有马来人从南方渡海而来，大约从公元前一千纪后半开始，就不断有中国和朝鲜人移居日本。
日本人是从哪里来的问题，在中国古代典籍特别是《山海经》中有着丰富的记载。《山海经》是人类历史上最重要的地理文献典籍之一，它记录了中国及其周边地区的山川地形地貌、物产和民族分布，以及相应的历史故事，涉及的年代包括周朝、商朝、夏朝直至先夏时期（可以追溯到一万年前）。
其中周朝文献《海内北经》明确记有：“盖国在钜燕南，倭北。倭属燕。”而《山海经》的其它篇章则记述着中国人多次向东海诸岛屿迁徙的事迹。
帝禹时代的地理大发现壮举（这是人类历史上最早的规模最大的地理考察活动），不能排除伴随有华夏居民向东海诸岛屿（包括朝鲜半岛、日本列岛）迁徙的可能。
