故事当然要从宇宙起源开始说
混沌中只有一个生灵，阿努，他在沉睡中剥离了自己的黑暗面，黑暗凝聚在一起，形成了一个邪恶之源，既世间第一个大邪神，塔萨麦特。
阿努与其不停的战斗，直至最终二者皆亡，他们的力量和身体化为空间本身和无数的宇宙星辰，
而阿努的脊柱化为水晶穹顶，在他残存的意志中诞生了五位天使长和众多天使，他们以水晶穹顶为中心建立了高阶天堂。
邪龙塔萨麦特燃烧腐化的尸骸化为了烈焰地狱，他的七个头中生出了三个魔神和四个魔王，无数的恶魔从他腐化的尸体中诞生，这就是烈焰地狱。
而阿努的一只眼睛残留了下来，具有无穷无尽的创造之力。恶魔和天使为了争夺他的控制权，进行着无穷无尽的战争，史称：永恒之战
而天使中的一位大天使长，为了守护阿努之眼，下令建造了混沌要塞。
无穷无尽的战争直至厌恶战争的天使决定远离战场，并且遭遇了同样想法的恶魔。
其中最具代表性的两位，天使伊纳瑞斯，恶魔莉莉丝，他们相爱了。
这不被高阶天堂允许，也不会被烈焰地狱接受，
于是他们有一个计划，拿到阿努之眼，利用它的力量创造一个世外桃源。
他们成功了，庇护之地也由此诞生，这就是凡人的世界。
后来他们诞下的孩子，就是人类的先祖，被称为“奈非天”。
奈非天们很具有天赋，强大且有力，他们的力量和天赋甚至超越了天使和恶魔。
他们的父母开始感到担忧，感到迷惘，担心庇护之地的前景黯淡于是他们想要灭绝奈非天，
然而伊纳瑞斯制止了这一切，让所有人都去好好想一想，
伊纳瑞斯是睿智的，但是莉莉丝这个魔神墨菲托斯之女感觉到了她的孩子正受到威胁
她便运用她的力量杀光了庇护之地的天使和恶魔，伊纳瑞斯感到无比愤怒，就驱逐了莉莉丝，调整了阿努之眼这时也许应该称之为世界之石的频率，抑制了奈非天的潜力，然而他知道这只是权宜之计，抑制并不能让奈非天彻底失去能力。只是抑制了它们的成长速度和觉醒的可能性。随后他便隐身于凡人之间。世界暂时平静了。
然而，人类终究会探知世界的奥秘，他们中的一部分人组成了法师部族，
而其中的一些人尝试与灵界沟通，他们却不知道，他们真正沟通的是什么
直到恶魔被法师们从烈焰地狱召唤到了庇护之地，三魔神的目光也注意到了这次召唤，他们感觉到了这些凡人的强大潜力，意图奴役这些凡人运用他们的力量打败高阶天堂（愚蠢的恶魔，力量永远不会被权威驯服），于是创建了三神教，迪亚波罗装扮了坚定之灵，墨菲托斯装扮了关爱之灵，巴尔装扮了创造之灵，并广播教义。伊纳瑞斯发现了这一切，他要以高阶天堂的力量抵御地狱恶魔入侵凡人世界。他化身先知建立了圣光大教堂，传播圣光教义，与三神教在暗中互相争斗。愈演愈烈的争斗变成了战争，但这时一个人类在愤怒中觉醒了奈非天之力，这个先贤名为乌迪贤，并且跟随他的人类均能觉醒奈非天的能力他们剿灭了邪恶的三神教，亦要让天使们也滚出庇护之地，而引导或者说导致他觉醒的人是变化为小女孩的恶魔莉莉丝，奈非天的母亲。她亦怀着不可告人的目的。
正义天使长泰瑞尔认为乌迪贤想要杀害其创造者者伊纳瑞斯的行为是不义之举，如他贯彻正义的坚决随即带领高阶天堂的天使们奔赴战场。
而烈焰地狱的恶魔们也来到了战场，庇护之地眼看就要变成新的永恒战场，乌迪贤此时再一次证明了奈非天的无尽力量，他瞬间将战场上的恶魔和天使扫尽了，天使和恶魔们不是死了就是被逼迫退回了自己的世界。莉莉丝再一次不知所踪，伊纳瑞斯回到了高阶天堂接受天使议会的裁决。
然而乌迪贤此时意识到自己强大的力量正在让庇护之地崩溃，随即作出决定，他随即将一切力量重新散归于天地之间或是归还于世界之石。而他亦因为拯救的行为牺牲了自己，这场战争史称“原罪之战”。
此后高阶天堂的天使议会投票决定是否入侵凡俗世界灭绝恶魔的后裔凡人，英勇天使因普瑞斯投了赞成票，希望天使奥利尔，预言天使伊瑟瑞尔投了反对票，智慧天使马萨伊尔拒绝表态，此时正义天使泰瑞尔出奇意料的投了反对票，也许他看到了烦人身上出现的正义和公平，看到了牺牲者的英勇和无畏吧。
此后人间界进入了和平繁荣的发展时代，他们追求奥秘知识和无尽的魔法力量，直到人类再一次挑起战争。这次战争史称法师之战。最终以奴役恶魔的法师族群取胜，他们名为维滋杰雷，其中最为出名的两个召唤者，鲜血督军巴图克和召唤者霍拉松，巴图克臣服于恶魔和欲望，而霍拉松认识到恶魔不可能被奴役，战争胜利后两人爆发了一场大战，巴图克的灵魂被放逐到了烈焰地狱，而霍拉松建造了神秘避难所并和他的避难所隐匿于星空之中。法师的时代也被战争摧毁了。
人们更为相信信仰的力量，此间诞生了萨卡兰姆这个教派，他们信奉圣光的力量，其创立者坚持其收到了天使的指引，而赫拉迪姆们知道他看到的是超越了魔神与天使长的人类先祖乌迪贤留在人间的回想。
而赫拉迪姆这个古老的学者团体源自三魔之猎。
那是在法师之战过去很多年，烈焰地狱发生了一场内乱，也许是一场阴谋，三魔神，巴尔，迪亚波罗，墨菲托斯被四魔王中阿兹莫丹，比列昂集结的大军打败，灵魂被放逐到了庇护之地。而正义大天使泰瑞尔帮助人类制造了三颗灵魂石，用于找到并封印这三个魔神，赫拉迪姆由此而生，一群强大的魔法师，其中的领袖名为塔拉夏，一个强大睿智的凡人，首先被封印的是墨菲托斯，他的灵魂石被托付给了萨卡兰姆们，萨卡兰姆随即在库拉斯特的庞大湿地建立了神庙城市崔凡克，并将墨菲托斯的灵魂石封印在地下的迷宫之中。
第二个落网的是迪亚波罗，这个恐惧之王被封印在坎杜拉斯荒野的地下迷宫中，赫拉迪姆们随即在此建立了崔斯特姆教堂，并将可以锻造神器魔法物品的赫拉迪姆铁锤交给了看护教堂的盲眼修女会。
最后一个被封印的巴尔，在鲁高因北面的荒漠之中，赫拉迪姆们追猎巴尔，甚至连灵魂石都被击碎，但是强大的塔拉夏击败了巴尔，并捡起灵魂石最大的一块碎片封印了它，索顿，库勒此时也是赫拉迪姆的一员，他说这种封印无法长久，必须用奈非天的心脏才能加强封印，法师们面面相觑，此时塔拉夏挺身而出愿意承担这个封印。让我们向这位远古的赫拉迪姆领袖致敬，他的勇敢与公义与天使无二。赫拉迪姆们悲伤的封印了巴尔，并拿走了赫拉迪姆之杖，将他的花纹和杖柄用炼金术分开，连炼金术所使用的道具，赫拉迪姆方块也不知所踪。
后来一位国王来到了坎杜拉斯，他带着他的家眷和卡撒兰姆的大主教，这位大主教已经被腐化了，崔凡克下封印的墨菲托斯已经脱离了牢笼，他们来此的目的就是拯救出崔斯特姆下面封印的迪亚波罗，国王日渐疯狂，迪亚波罗企图占据这位国王的肉体，但是他没有成功，只是逼疯了国王李奥瑞克，李奥瑞克死于他的骑士之手，他们不敢相信他们所追随的贤明的李奥瑞克已经变成如今这副模样，仍然以君王的礼节埋葬了他，在崔斯特姆，而迪亚波罗腐化的力量将他变为了骷髅王。
此时的崔斯特姆已经人心惶惶，地下传来的恐怖哀嚎，消失的国王，无故死于旷野的牲畜，都证明了迪亚波罗已经苏醒了，是被那个被腐化的萨卡兰姆主教唤醒的。此时来自法师部族的法师，李奥瑞克的儿子艾丹，和一位精通射术的盲眼姐妹会弓箭手走进了千年前的地宫，他们杀死了无尽的恶魔，（一代剧情开始），最终他们找到了灵魂石，艾丹做了一个错误的决定，他觉定用自己的力量封印黑暗灵魂石而不向任何人寻求援助，悲剧开始了，盲眼姐妹会的弓箭手，血鸟死后被安达利尔唤醒沦为恶魔，来自法师部族的法师在寻求无尽奥秘的途中被腐化，直到他找到了神秘庇护所，被霍拉松的灵魂附体。而艾丹的灵魂被迪亚波罗吞噬，化为了黑暗流浪者，（一代剧情结束）
黑暗流浪者一路向东去寻找他被封印的兄弟，巴尔和墨菲托斯，（2代剧情开始）
世界重新陷入混乱，七位英雄出现，他们杀死了安达利尔，督瑞尔，一路追随着黑暗流浪者，最后在地狱熔炉敲碎了墨菲托斯的灵魂石，这个憎恨魔神到底是死了还是回到了烈焰地狱，无人知晓，在烈焰地狱的混沌庇护所，迪亚波罗被重新封印，在亚瑞特山，英雄们虽然又一次的击溃了巴尔，但是安置于亚瑞特山中的世界石（阿努之眼）已经被彻底腐化，泰瑞尔彻底击碎了它，爆炸摧毁了亚瑞特山，形成了亚瑞特巨坑。（暗黑破坏神2剧情结束）
（而后暗黑就进入了第三部的剧情，可以游戏体验了。）
