马的祖先是生活在5000万年前新生代、第三纪、始新世的始（祖）马。马的进化历程：始祖马【新生代、第三纪、始新世】→渐新马【渐新世】→草原古马【中新世】 →上新马【上新世初期】→真马【更新世】→现代马
现代马的起源可追溯到6000万年以前，在美洲大陆和欧亚大陆还没有完全分离之前，一种只有野兔般大小的始祖马就在现在的北美洲东部开始进化了，其中一部分还迁移到了欧亚大陆。大约8000年前，可能是一种疾病使原先生活在北美洲的始祖马灭绝了，而生活在亚洲、非洲和欧洲的马却繁衍兴盛起来。现在生活在美洲大陆的马是16世纪西班牙的征服者哥伦布第二次到达美洲时带去的。由于马具有极强的适应性，现在广泛地生活在世界各大陆。
马的进化史比其他任何动物都与人类紧密相关。幸存下来的唯一野马普氏野马不久前还在戈壁滩出现，现在仅存几只而已。另外两种野马分别于19世纪和18世纪灭绝。英国剑桥大学的彼得·福斯特发现，在几千年的进化过程中，家马比野马获得了生存优势。
福斯特研究了25个不同种类共300匹马的DNA，并把它们同化石中找到的野马的DNA进行比较。这些化石既有在瑞典和爱沙尼亚发现的生活在大约2000年前的马的化石，也有在阿拉斯加发现的2万年前的马的化石。结果表明，马的家养驯化开始于不同的时间和世界不同的地点。然而，此前人们一直认为，家马起源于少数野马的杂交，比如狗、绵羊和猫就是如此。
