大结局在诸多人证物证面前，玉帝下旨，下令查处睚眦一伙的罪行，狴犴上殿与东海龙王相认，并表示以后愿追随妈祖，不愿再会龙宫。睚眦、蚌妃等人获罪，被押往斩龙台和斩妖台，珍王妃被打入冷宫。
此时，吴宗伦率众与敌决战，将敌兵逼退至顺风岛上，敌兵调来炮火增援，使宋军受挫。吴宗伦战死疆场，妈祖出现，大义凛然，劝退敌兵，我军顺利收复失地。吴宗伦被敕封为抗敌英雄，妈祖则被封为护国夫人。
妈祖带领自己的水阙仙班成员终日巡逻予海上，救人予为难。千百年来，妈祖护国佑民，抢险救人，降妖伏魔，惩恶扬善，为民造福的传说广为流传，深入人心。她的功德与美名倍受百姓，皇帝及外国友人的礼赞。
