碇真嗣为什么在太空

因为男主引发了第三次冲击(我没记错次数吧？)，导致人类再次大规模死亡。

美里他们认清了NERV的面目根本不是为了拯救人类免于毁灭，因此和NERV脱离了。而碇真嗣是被放置在卫星轨道。凌波丽是NERV所属的人造人，所以自然就和美里这些脱离者称为敌对关系。