从使用上来说，没有问题，对系统的运行速度影响不大。大部分软件加载完成之后主要依赖CPU、内存，虽然虚拟内存也会依赖磁盘，但这跟软件装哪也没关系。
为什么所有软件都默认把软件装在C盘呢，确切说是系统盘？因为系统一定会存在系统盘，可能没有其他盘。安装包如果不设置一个默认存在的位置，自动安装是会出错的，但微软一定很不希望软件随便装在C盘，所以有Program Files和Program Files (x86)两个文件夹。微软建议都装在这里。
这俩文件夹也有弊端，就是需要管理员的权限才能写进去文件，有一些软件为了方便管理数据，也会选择安装在C盘的用户目录，很少。
当然有的软件厉害一点，安装包启动时检测以下有哪些盘，推荐一个盘空间最大的这种。大多数安装包都仅仅是简单打包一下，也没必要搞那么复杂。
都放C盘也有不好的地方，麻烦主要在重装系统。
Windows提供了不同的机制重装机制，如果选择升级安装则会保留一些用户文件，重装后C盘会有一个Windows.old文件夹，里面会有些未被删除的文件，用于恢复。如果是全新安装，C盘被格式化，其他盘的软件，有相当一部分可以绿色运行，只是一些注册信息、快捷方式、启动项信息丢失。介意的话还是需要重新安装。
但是C盘过小也不行，比如像Visual Studio这种，SDK全部装在C盘；Windows系统更新，很容易C盘不足。
我个人的装系统：
系统盘(70G以上），能应付大部分不能改位置的软件。
文档盘（30G以上），主要是经常使用的小文件，包括桌面、音乐、视频等文件夹。下图的几个文件夹，右键->属性->位置，可以更改位置，重装完第一件事就移动到文档盘。系统崩溃不影响桌面文件，浏览器下载目录、音频软件默认目录都不用额外设置。甚至QQ、微信的接受文件目录都不用改
3.软件盘（40G以上），每个软件单独文件夹，全英文名，防止出错。如果有大型软件适当增加。
4.数据盘（其他），也可以与文档盘合并，主要是迅雷、网盘的下载目录，数据仓库。
