有长江、嘉陵江、乌江、涪江、綦江、大宁河等。
1.嘉陵江，长江上游支流，因流经陕西凤县东北嘉陵谷而得名。 （一说来源《水经注》二十（漾水）载：“汉水南入嘉陵道而为嘉陵水” ）发源于秦岭北麓的陕西省凤县代王山。干流流经陕西省、甘肃省、四川省、重庆市，在重庆市朝天门汇入长江。主要支流有：八渡河、西汉水、白龙江、渠江、涪江等。全长1345千米 ，干流流域面积3.92万平方千米，流域面积16万平方千米 ）是长江支流中流域面积最大 ， 长度仅次于汉江，流量仅次于岷江的大河。
2.涪江是嘉陵江的支流，长江的二级支流，流域宽广。发源于四川省松潘县与九寨沟县之间的岷山主峰雪宝顶。涪江南流经四川省平武县、江油市、绵阳市、三台县、射洪县、遂宁市、重庆市潼南县等区域，在重庆市合川市汇入嘉陵江。全长700千米，流域面积3.64万平方千米，多年平均径流量572立方米/秒。
3.乌江，长江上游南岸最大支流，贵州第一大河。乌江有南北两源：南源三岔河，北源六冲河，习惯上以三岔河为乌江干流。乌江，古称牂牁江，唐宋又称黔江等，元代首次称为乌江。发源于贵州省境内威宁县香炉山花鱼洞，流经黔北及渝东南，在重庆市酉阳县、涪陵区注入长江，干流全长1037公里，流域面积8.792万平方公里。六冲河汇口以上为上游，汇口至思南为中游，思南以下为下游。乌江水系呈羽状分布，流域地势西南高，东北低，流域内喀斯特发育。地形以高原、山原、中山及低山丘陵为主。由于地势高差大，切割强，自然景观垂直变化明显。以流急、滩多、谷狭而闻名于世，号称“天险”。
4.渠江干流，从渠县的三汇镇起，在渠县境内自北而南，流经三汇区、土溪区、临巴区、城郊区、渠江镇、鲜渡区、琅琊区等8个区、镇，21个乡，其间先后有涌兴河、桂溪河、流江河、中滩河等支流注入。
