1.消灭乔、不同意加入博士
博士亲自出马，派出试验品消灭玩家。但是在过程中发生了一点小意外，试验品竟然将博士吃掉了。
之后主角追了上去，巴哈姆特上校发现异形已经无法控制只能选择逃离。这时候玩家们就需要面对各种异形首脑了：异形皇后和天王创魔心。
消灭BOSS之后继续追击上校。但是，当玩家追出去时发现已经晚了，巴哈姆特上校已经坐飞机逃离。
最后一幕，巴哈姆特上校表示：我还会回来的
2.消灭乔，假意答应加入博士
这时候就可以避免和博士开战了，而博士会将你带入内部。巴哈姆特会告诉玩家已经将所有的设施全都转移到太空了，而目前这个基地即将发生爆炸。此时博士发现主角的假意投诚，于是利用病毒将逃跑的小兵全都变成了异形。玩家想要逃走必须先消灭这些异形。
之后主角一路杀出，甚至来到了太空基地之中和博士的机器人进行战斗。虽然主角赶上来了，但是巴哈姆特已经将病毒通过加农炮发射到地球。换句话说，地球将再次被异形入侵。
愤怒的主角决定和BOSS同归于尽，在强势的攻击之下终于消灭了巴哈姆特，并成功摧毁了太空基地。主角在这场战斗中宣布死亡，他的身影将化为一道丰碑。
3.回援、博士邀请接受
如果玩家之前没有干掉乔，而且在后期又加入博士的话，结局又有些不同了。
作为天生的战斗狂人：乔，他对上次的战斗未分胜负一直感到耿耿于怀，而这一次机会他自然不会放过。于是他会在途中归还主角的武器，然后再一次挑战玩家。在干掉乔之后，玩家击败了变异的博士，直接冲到了基地核心处，在这里再一次遇到了巴哈姆特上校。按照之前的剧情，巴哈姆特上校是想将异型细胞转移到太空去，玩家这时候到来就破坏了他的计划。于是巴哈姆特上校选择吸收了异型细胞作战，但是最后却被反噬了。
最终，玩家击败了异形细胞，而基地也在这一刻完全的被消灭了
4.回援、博士邀请拒绝、巴哈姆特邀请时加入
不去追击乔，拒绝博士之后，他就会发起攻击。玩家击败他之后继续追击巴哈姆特，这时候就会出现另一个分支。玩家如果选择同意加入的话，就会出现一个新的结局。
主角最终没有抵挡住诱惑，选择了同流合污。而他强悍的能力配合巴哈姆特上校的实力，成为最佳搭档。异性战争就这么僵持了下去，似乎永远没有尽头。人类似乎再也无法看到未来的曙光。
5.回援、博士邀请拒绝、巴哈姆特邀请拒绝
玩家选择拒绝之后，马上进入战斗状态，巴哈姆特的实力一般般没有费多大力就消灭了。本以为一切都结束了，但是没想到在巴哈姆特死后，装载了异形病毒的火箭发射器竟然自动发射了。主角并没有成功阻止火箭的发射，不过好在追上了火箭。只要期间想办法阻止火箭还是有一线生机的。然而，此时乔再次出现，对玩家进行阻止。
在结束和乔的战斗之后，玩家终于来到了火箭的顶端。而此时装载的异形细胞已经破壳而出，玩家需要在太空之中将其歼灭。
这是人类最终的命运，也是游戏的真正结局。
最终玩家成功击败了异形细胞，将伤亡降至最低，成为这个时代的传奇。
隐藏结局
在第三关有一个神秘人，玩家可以在这里触发进入竞技场，挑战游戏中的三个BOSS，然而这个结局属于是恶搞，因此发生了不可思议的事情。因为战斗的能量太大导致次元裂口的出现，玩家进去之后就被传送到了远古时期。而这个时候人类都还没有开始发展。
于是我们的主角只能和一群猴子生活下去，成为这里的老大。
