为了如期实现到2020年长江流域重点水域实现常年禁捕的政策目标，农业农村部等三部门联合发文要求加快建立长江流域重点水域禁捕补偿制度。
2019年1月11日，据农业农村部官网发布消息，农业农村部、财政部、人力资源社会保障部等三部门日前联合印发通知，公布《长江流域重点水域禁捕和建立补偿制度实施方案》（简称《方案》）。
《方案》提出，根据长江流域水生生物保护区、长江干流和重要支流除保护区以外的水域、大型通江湖泊除保护区以外的水域、其他相关水域四种情况，分类分阶段推进禁捕工作。
长江水生生物保护区于2019年底以前，完成水生生物保护区渔民退捕，率先实行全面禁捕，今后水生生物保护区全面禁止生产性捕捞；长江干流和重要支流于2020年底以前，完成长江干流和重要支流除保护区以外水域的渔民退捕，暂定实行10年禁捕，禁捕期结束后，在科学评估水生生物资源和水域生态环境状况以及经济社会发展需要的基础上，另行制定水生生物资源保护管理政策。
此外，《方案》大型通江湖泊（主要指鄱阳湖、洞庭湖等）除保护区以外的水域由有关省级人民政府确定禁捕管理办法，可因地制宜一湖一策差别管理，确定的禁捕区2020年底以前实行禁捕。其他水域。长江流域其他水域的禁渔期和禁渔区制度，由有关地方政府制定并组织实施。
根据《方案》，禁捕期间，特定资源的利用和科研调查、苗种繁育等需要捕捞的，实行专项管理，具体办法由省级或国家渔业行政主管部门制定并组织实施。同时，要坚持地方为主，中央财政将通过奖补的方式对地方工作予以适当支持。
其中，退捕渔民临时生活补助、社会保障、职业技能培训等相关工作所需资金，主要由各地结合现有政策资金渠道解决。同时，中央财政采取一次性补助与过渡期补助相结合的方式对禁捕工作给予适当支持。
据《方案》要求，农业农村部、财政部、人力资源社会保障部将制定专项绩效考核办法，会同有关部门对各省市渔民退捕、转产保障和禁捕管理等政策执行和任务落实情况进行绩效评价，建立激励约束机制。各省市人民政府要把长江禁捕作为落实“共抓大保护，不搞大开发”的约束性任务，纳入地方政府绩效考核和河长制等目标任务考核体系，对工作推进不力、责任落实不到位的地区、单位和个人依法依规问责追责。
《方案》表示，长江是世界上水生生物多样性最为丰富的河流之一，也是中国重要的生态安全屏障。但近年来，受拦河筑坝、水域污染、过度捕捞、航道整治、挖砂采石、滩涂围
