新版《小娘惹》的故事开始于1337年，也就是中日战争开始的时候，地点在马六甲地区一带，也正是因为这个年代的特殊，导致剧中的主角人物一生经历坎坷，骨肉分离。
剧中的主人公是菊香和月娘母女两人的故事，天兰是婢女，和家中老爷生下一个女儿菊香，菊香九岁时因病聋哑，后来从小饱受欺凌的菊香反抗逃婚，因缘际会结识了善良真诚、英俊潇洒的中日混血摄影师山本洋介，因为中日战争的关系，导致夫妻两人分离。
菊香和陈盛的爱情本身就是悲剧，陈盛心仪菊香，但菊香是聋哑人，为了子孙后代，陈家奶奶让陈盛娶的却是美玉，而不是菊香。偶然在新加坡邂逅，陈盛对菊香悲惨的遭遇更是牵肠挂肚，帮助菊香支付房租，给她买来维持生计的物资，两人好感升级，但陈盛却不能给菊香一个未来。战乱纷争夺走了山本洋介和菊香的性命，留下一女“月娘”，随外婆天兰长大，长大后“月娘”历经磨难重振衰败的家族生意。
《小娘惹》中，虽然肖燕是一人分饰两角，但是菊香与女儿月娘展示了娘惹的独特之美。菊香端庄温柔，淡雅如菊，以“菊”为名，也象征着母亲菊香的纯净与坚贞。女儿月娘则似皓白月光下，盛开于树顶之上的一簇芬芳。通身高洁，冲破桎梏的既视感呼之欲出。菊香月娘两代娘惹，二者同时保留并传承了娘惹文化中的勤劳、坚韧、忠贞与勇敢。即使母女俩都经历命运的捶打和战火的摧残，但他们从不凋零。
正如“寻根追远版”片花中所述，早年华人从中国南方，漂洋过海来到南洋一带落地生根，并和当地土著女子结婚，繁衍后代。他们的后代——男性称为峇峇，女性称为娘惹。剧中呈现很多娘惹的传统文化，除了美食，还有刺绣以及一些婚礼的习俗，娘惹文化是闽南文化和东南亚文化的交融，形成特殊的娘惹文化
