[第一部，时之沙]
印度国王穆罕默德和法师维瑟尔来到了废弃的时之岛，并带走了时间女皇的遗物——时之沙漏和时之匕首。
后来，为了将这两件宝物据为己有，以达到长生不老的目的，维瑟尔背叛了穆罕默德。
他怂恿波斯国王撒鲁曼攻打印度，并承诺作为内应会打开印度的城门。
战争结束，撒鲁曼得到了时之沙漏，并且俘虏了印度国的公主法拉。
而波斯王子由于在战争中的杰出表现，得到了他的第一件战利品——时之匕首。
波斯大军凯旋在土耳其苏丹皇宫暂时停留时，心怀怨恨的维瑟尔诱惑波斯王子用匕首打开时之沙漏，释放的时之沙瞬间吞噬了整个皇宫，并且将撒鲁曼变成了沙之怪物。
王子不得已杀死了自己的父亲，在悲痛欲绝中，逃脱的印度公主法拉告诉王子，只要将时之匕首重新插进时之沙漏，那么时间就会倒退，回到一切的开始。
于是王子和法拉开始了他们的冒险，随着冒险的不断深入，王子和法拉的情感也在发生微妙的变化。
最后，(也许是为了爱或者别的什么)法拉悄悄的带着时之匕首离开了王子。王子找到了法拉，但却眼睁睁的看着法拉坠楼身亡，哀伤的王子夺回了匕首并将其插进了沙漏里。伴随着维瑟尔绝望的呼叫，时间倒退到了波斯军队进攻印度之前。
保留着记忆的王子在进攻的前夜悄悄的潜进了公主法拉的卧室，告诉了她一切，包括维瑟尔的背叛。揭穿的维瑟尔恼羞成怒，想要杀掉法拉嫁祸给王子，但被王子给干掉了。
后来，王子劝说他的父亲撒鲁曼撤走了军队，一切好像都恢复了平静。
但是谁也没有料到的是，王子的命运已经被诅咒：任何使用过时之匕首的人，只有死路一条……
[第二部，勇者之心]
“因为王子使用了时之匕首破坏了时间的平衡。而达哈卡就是为了恢复时间的平衡而诞生的，他就像时间一样是不可战胜的。达哈卡会像影子一样追杀着王子，直到王子的生命走到尽头。”
王子是从一位盲眼老人那里得到了自己的命运被诅咒这个消息的。
为了改变自己悲惨的命运，王子打算去时之岛，回到过去，回到时间女皇制造时之沙的那一刻，去阻止时之沙的诞生。
历经艰难的王子终于到达了时之岛，并且通过岛上的时间传送点回到了过去。在那里，王子遇到了一位名叫凯琳娜的红衣少女。凯琳娜帮助了王子，她告诉了王子如何去打开时间女皇所在房间的门的机关。在冒险的过程中，一个神秘的黑衣人不时出现在王子周围，不知是敌是友。
更让人感到诡异的是，最后时间的守护者达哈卡突然出现在王子和黑衣人的面前，但是达哈卡却杀掉那个黑衣人，然后没有理会王子就走了！纳闷的王子按照凯琳娜的帮助打开了时间女皇房间的大门，却又愕然发现原来凯琳娜就是时间女皇！
怨愤的凯琳娜告诉王子，她之所以帮助王子，就是想让王子在打开大门的过程中被那些机关杀死，或者被时间守护者达哈卡杀死。原来凯琳娜也通过时间线预知到了自己的命运：她将会被波斯王子亲手杀死！同样为了改变自己悲惨的命运，时间女皇和王子展开了一场生死战，最后王子逼不得已只好杀掉了凯琳娜！
凯琳娜在临死之前告诉王子：没有人能改变自己的命运，你也会像我一样去奋力，但你也会像我一样死去！随后，凯琳娜的尸体迸发出了金色的光芒……王子通过时间传送点回到了现在。本以为一切都结束的王子突然发现时间的守护者达哈卡仍然在追杀他！这时王子才想起来，凯琳娜死后那些金色的光芒就是时之沙！
绝望的王子被达哈卡困在了一个地下墓穴里。就在万念俱灰之时，墙壁上的文字吸引了王子的注意。
根据文字记载：当年印度国王穆罕默德和法师维瑟尔来到了废弃的时之岛，在夺取时之沙漏的过程中，穆罕默德不幸被时之守卫杀死，但幸运的是，一件黑色的面具让他有了第二次机会……
就像在黑暗中看到了一丝曙光一样，王子暂时摆脱了达哈卡的追杀，去寻找那件黑色面具。
终于在时之岛的尽头，王子找到了黑色面具。戴上了面具的王子回到了他刚到时之岛的那一刻，并且变成了一个黑衣人——原来在他冒险的过程中时隐时现的黑衣人其实就是他自己！
又经过一番努力，王子最后阻止了自己被达哈卡杀掉(本来达哈卡杀掉了黑衣人，但王子没有让这件事情发生，达哈卡转而杀掉了那个没有变身的王子)，王子又变回了原来的样子。
由于知道了接下来将要发生的事情，王子决定利用时间传送点把时间女皇凯琳娜带到现在，这样即使凯琳娜死了时之沙也不会威胁到自己。
变身回来的王子成功的把凯琳娜带到了现在，但是时间的守护者达哈卡再度显身，只不过这次他的目标换成了凯琳娜。
这是理所当然的，凯琳娜本来不属于这个时代，为了维护时间的平衡，达哈卡自然把矛头对准了她。
因为不忍心凯琳娜就这样被达哈卡杀死，王子利用从过去带回来的一把水刀(这把刀就是游戏中的隐藏武器)，与达哈卡展开了一场肉搏战。在凯琳娜和王子的配合下，达哈卡居然奇迹般的被消灭了。
胜利的王子打算带着凯琳娜一起回到他的故乡——波斯的巴比伦城，想从此过着平静的生活。但此时的巴比伦城正被战火所蹂躏……
盲眼老人的声音仍在萦绕在王子心头：你不可能改变自己的命运，没有人能！
[第三部，王者无双]
几个星期后，王子带着凯琳娜离开了时之岛回到了他故乡巴比伦城，却发现整个巴比伦城陷入一片火海中。
震惊和愤怒的王子不敢相信眼前的一切，但随后他的船就被飞来的火球打翻，并且和凯琳娜失散。
昏迷的凯琳娜被侵略军带到了巴比伦皇宫里。王子紧随其后想要去救她。在皇宫中，愤怒的王子不幸被敌人擒住，但他却愕然发现侵略军的首领居然是那个“已经被自己杀死的”邪恶法师维瑟尔！而维瑟尔居然又不认识自己？
原来，当王子把时间女皇凯琳娜带到现在的一霎那，历史就已经发生了改变：由于没有时之沙，维瑟尔也就不会去背叛穆罕默德，也就没有了波斯进攻印度的历史，维瑟尔也就不会认识王子，当然也不会被王子杀死了。
历史已经改变，但依然改变不了维瑟尔邪恶的欲望……多年以前，印度国王穆罕默德和法师维瑟尔来到了废弃的时之岛，与原先的历史不同，他们只找到了一把时之匕首，至于传说中的时间女皇和时之沙则没有任何存在过的痕迹。
已经对时之沙快要放弃的维瑟尔却突然发现时之匕首在最近几个星期变得活跃了起来，维瑟尔很快明白了究竟发生了什么事情：时间女皇来到了现在！
被长生欲望熏混了头脑的维瑟尔杀死了穆罕默德，囚禁了印度公主法拉，控制了印度的军队来进攻巴比伦城！企图寻找时间女皇！
时间女皇凯琳娜终于落在了维瑟尔手中！残忍的维瑟尔用时之匕首杀死了凯琳娜，释放出了时之沙，他又将匕首插进自己的身体里，随后变成了一个金黄色的怪物——维瑟尔终于达到了他长生不老的愿望。
整个巴比伦城被时之沙吞没，那些侵略军全部被感染到了时之沙，变成了沙之怪物，就连王子自己的手臂也被时之沙侵入。危急时刻，王子挣脱了束缚，抢走了时之匕首，离开了巴比伦皇宫。时之沙唤起了王子最大的敌人……被时之沙感染的王子感觉到体内产生另一个邪恶的人格——黑暗王子。
黑暗王子狡猾，残忍，对弱者没有同情心，但在冒险的时候王子却需要变身成黑暗王子来渡过难关。在这种奇怪的组合下，王子又遇到了自己爱慕的印度公主法拉。
法拉被维瑟尔囚禁后也被带到了巴比伦城，原因是维瑟尔获得长生不老后想娶法拉做老婆。后来法拉在时之沙的混乱中逃脱，遇到了游荡在巴比伦城的王子。
起初法拉对波斯王子的双重身份深感怀疑，但在随后的冒险中逐渐与王子重新建立了信任和友情。但在冒险的过程中，黑暗王子的感染变得越来越严重，这让王子本身深感不安。
不幸的是，冒失的法拉又被维瑟尔抓住，而王子被打入了一个黑暗的深洞里……
最后，在巴比伦城黑暗的地下宫殿里，王子找到了他父亲波斯王撒鲁曼的尸体。悲痛的王子拿起父亲的宝剑压抑住了邪恶的黑暗王子的意识，决心找维瑟尔复仇。
在巴比伦皇宫的最顶层，左手持波斯王宝刀，右手持时之匕首的王子与维瑟尔展开了一场决战，王子将时之匕首插进了维瑟尔的心脏，彻底的终结了这个邪恶的灵魂！已经变成时之沙的凯琳娜再度幻化成人形来跟王子告别：这个世界本不属于我，自有我所归属的世界(我也不知道什么意思)……
王子将时之匕首交给凯琳娜，随后时之沙，凯琳娜，时之匕首都一同消失了……
最后的最后，王子在他的内心深处也终于完全抛弃了黑暗王子的阴影。
至此，波斯王子时之沙三部曲全部终结！
