UniProt数据库由欧洲生物信息学研究所、瑞士生物信息学研究所和美国乔治城大学医学中心合作建立，主要由UniProtKB知识库、UniParc归档库和UniRef参考序列集三部分组成。其中UniProtKB由人工审核过的Swiss-Prot蛋白数据库和未人工审核过的TrEMBL组成，前者有56万条记录，后者有1800万条记录。
该数据库可供查阅蛋白质的功能描述、分类信息、亚细胞定位、相关的疾病、翻译后修饰、表达、结构、反应、蛋白家族和序列等信息，网站也提供在线的序列相似性搜索BLAST、序列比对Align和系统发育树构建等工具。
2002年，获美国国立卫生研究院(National Institutes of Health)和美国科学基金会(National Science Foundation)、欧盟(European Union)，以及瑞士联邦政府教育和科研联合办公室等机构资助，Swiss-Prot、TrEMBL和PIR三个国际上主要蛋白质序列数据库合并，建立了通用蛋白质资源(Universal Protein Resource, UniProt)。
