国家审计机关的设置模式有以下几种：
1、审计机关隶属于立法部门，直接对议会负责并报告工作，完全独立于政府，主要审计政府财政。这种模式在西欧、北美等发达国家和许多发展中国家十分普遍，是目前世界审计制度的主流。英美两国比较典型，是国会名副其实的“牧羊犬”。美国除了国会设有审计机构外，在联邦政府各部门还另设有监察长办公室，相当于政府部门的内部审计，主要负责审查所在部门的业务活动、经济效果以及本部门官员行为的合法性。
2、审计机关属于司法系列。即审计机关除具有审计职能外，还拥有一定的司法权限，显示了国家对法治的强化。因而，被西欧和南美一些国家采用。法国、意大利、巴西是典型的代表，它们设立审计法院，享有最高法院的某些特权，可以对违法或造成损失的事件进行审理并予以处罚。审计人员多为法官，审计的主要对象是国家财政。同时，负责管理财政部派出的公共会计。
3、审计机关不隶属于任何权力部门。以德国为典型代表，设立了联邦审计院，独立于立法、司法和行政部门之外，直接对法律负责。这种模式从形式上看是独立于三权之外，实际上它更偏重服务于立法部门。
4、审计机关在体制上隶属于国家行政系列，是国家行政机构的一部分，对政府负责并报告工作。但从发展趋势看，它也越来越多地在为立法部门服务。目前，实行这种模式的主要有瑞典、沙特等少数国家。
5、审计和监察职能合一。如韩国、蒙古等。韩国设立了独立于政府的审计监查院，受总统直接领导，具有独立的法律地位。
6、主计审计长模式。如印度等国，设立了独立的主计审计公署，负责财政决算编制、国家财政审计。
在上下级审计机关领导体制方面，各国也有较大区别。印度、葡萄牙等少数国家只设一级审计机关，地方不设相应的审计机关，对地方的审计工作由其派出机构负责。在分级设立审计机关的国家，最高审计机关与地方审计机关的关系也不尽相同。美国、英国、日本等国家最高审计机关与地方审计机关之间一般没有领导与被领导的关系，也没有业务指导关系，两者完全平等。韩国审计监查院与地方自治团体监查机关之间是业务指导与合作关系。法国的审计法院可以接受对地方审计法庭判决不服的上诉，并作出终审判决。菲律宾的最高审计机关对地方审计机关实行垂直管理。
