摩托车驾驶证和小型汽车驾驶证C1合并后不可以再分开的,根据驾驶证管理和使用有关规定,2004年前的驾驶证是摩托车驾驶证和小型汽车驾驶证分开的,2004年后所有机动车驾驶证都合并了,主要是交警部门为了方便驾驶人员办理各种业务。