三星堆之所以如此神秘，如此引人入胜，就在于它完全独立于中原文明的特殊风格，乃至留下了“十大未解之谜”。我们大胆猜测，若是这些谜团悉数被解开，那么三星堆的真面目就能颠覆历史。
消失之谜，三星堆占地面积广远、青铜文化发达、建设规模庞大，为什么会突然消失，而且没有留下子脉呢？
学者总结了以下几大推测：外族入侵，洪水灾害，部落迁移，内部矛盾，又或是跟随外星飞船飞走了。可不管是哪种，三星堆人总会有所遗存的吧？那么，这些后裔又去哪儿？
起源之谜，关于三星堆的正朔，有支持西来说的：因为三星堆的太阳轮、金权杖、怪异的人物特征等，都与古埃及、苏美尔甚至玛雅文明有相似之处，三星堆可能是这些文明的嫡脉；
有支持外星说的：文明高度发达，不留任何记载，风格特立独行，或许外星人才能这样；还有人指出三星堆是正宗的华夏文明，或许是古彝族有很深的渊源。
文字之迷，三星堆存在时间跨度非常大，约距今5000年至3200年，试问一个发展了近两千年的文明，怎么会不形成文字？他们用什么交流，手语吗？而且，根据出土文物显示，三星堆应该与商朝有过文化交流，殷商有甲骨文，而三星堆却没有，这很不科学，毕竟二者是同时代、同发达的两大文明。
金杖之谜，提起权杖，我们会不由自主联想到古埃及法老手中的东西，好像这类象征权力的物件非常地具有西方风格，而鼎似乎才是中国历史特色。但有学者认为，中国高古时期也有使用权杖的习惯，还说良渚遗址出土过玉制的权杖，三星堆的这根金权杖，终究还是未解之谜。
象牙之谜，新近发现的祭祀坑中出土了大量象牙，那么这些象牙的来源是哪里呢？专家分为“土著象牙”与“外来象牙”两支观点队伍。土著说认为，川蜀地区原本是有大象的，只是后来灭绝了，但疑点是为什么没有出土过类似的象化石？外来说认为，这些象牙来源于印度、孟加拉国等地，属于对外贸易的结果。
赤像之谜，三星堆最后一期文明所在地是金沙遗址，这里曾出土过12尊造型大体一致的赤裸男性跪像，雕刻细腻，表情丰富，应该是一种特殊的祭祀品。然而，这些人像的发型十分怪异、双手被反绑、全身赤裸等特征，都与我们所知的文明格格不入，在此前中原遗址中从未见过，这是不是昭示着母系社会的些许痕迹？
鱼凫之迷金权杖上刻有图案，分别是巫师、鱼、鸟的形象。很多人说这就是传说中的古蜀之王：鱼凫王，巫师就是王，鱼和鸟则是他的化身和象征。这似乎很有说服力。但同时，图案上还有一支长长的箭贯穿三者，这表达的意思应该是痛恨鱼凫王才对啊！如果三星堆是古蜀人所建，那么他们为什么要杀死自己的王呢？
铜像之谜，三星堆出土的青铜像形象都十分怪异甚至荒诞，与中原人的特征出入很大，他们高鼻、大嘴、粗眉、大眼，眼睛突出而斜视，耳朵宽大而有孔，身材比例也相当夸张。有人说这样的人物形象似乎与高鼻梁的西方人更为接近。当然也有人指出这其实就是古彝族人的特征，但只是猜测，并无实际证据。
祭祀之谜，三星堆出土了大量精美绝伦的青铜神器，但绝大多数都是祭祀用的，基本上没有生活用品，这表明古蜀国的原始宗教体系十分完备，可他们的饮食起居生活该如何进行呢？难道靠祭祀就能不吃饭不喝水？
揭秘之谜，历经几十年寒暑，三星堆不过挖掘了千分之二，那么究竟何时才能完成解密呢？这无疑又是一个无解的谜题，毕竟目前我们只发现了几个祭祀坑，而对三星堆文明的城邦、城墙、生活区等位置很不明了，它的城市建设也无法得到证实，所以三星堆的秘密应该还会保持很久很久。
