新风系统能够源源不断为室内输送空气、将室内污浊的空气排出室外，为室内空气的含氧量、洁净度创造了条件，尤其是在不用打开门窗的条件下实现室内换气。然而，在实现室内通风换气的同时，使用新风系统常遇到的问题有：需要在墙上或窗户开洞才能实现室内外换气，而墙体或窗户在室外有大风吹得时候会产生异响，时而会影响到室内的日常作息；新风系统使用时间久了，有的电机和气孔在新风系统运行时也会产生噪音。
当新风系统的电机在高速运转时所产生的噪音较容易理解，抽风、排风等都需要电机带动，产生噪音在所难免。此外，高风速的气流经过新风系统的进出风口时，也会产生噪音，这部分噪音的大小与进、排风管道口径的大小紧密相关，口径太小风速太快，气流声也较大，反之气流声相对较小。因此，在安装新风系统时，要特别注意根据室内空间大小、位置等选择合适的新风系统，尤其是新风管道的长短、大小等进行合理设计。
对于大部分双向流新风系统，安装基本上都需要开孔，室外的噪音会随孔而入，特别是部分用户不想在墙上开孔的，选择窗户的玻璃为进出风口，相较于墙体，玻璃的隔音效果更差，因此，当视为风速较大时，窗户开孔后收到噪音的干扰更加严重。当然，凿墙开孔安装新风管道，在室外气流较大时也同样会干扰室内。因此，在安装新风系统的进、出风口时就需要用户特别注意此问题，以减少噪音的干扰。
因此，在选择新风系统、安装新风系统时，需要结合自身所处的环境等综合因素，按需选购，而不是盲目跟风。既要考虑新风系统的换气速率、净化效果，同时也要考虑到噪音的影响等等。
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