首先清洗时，必须先拔下电源插头。
微波炉内部表面、炉门的前后及炉门开口处，可使用软布、温水及温和的清洁剂清洗，切勿使用金属刷和腐蚀性清洗剂。对炉内壁的清洗，可使用卫生棉球，蘸医用酒精或高度白酒擦洗，因为酒精挥发快，且有杀菌的作用。需要注意的是右边云母片应细心擦干净，因为这是微波炉的加热口。应该取下转盘、转盘支架进行单独清洗，也可使用酒精或白酒进行擦拭，配合湿布反复擦洗。若玻璃转盘和轴环是热的，要等到冷却后再进行处理。
如果微波炉上的污垢积淀太多，可以用微波炉专用容器装好水，加热几分钟，先让蒸发的水份湿润一下炉内的污渍，然后用湿纸擦掉，再用洗涤剂把油污或酒精完全洗净。如若是电脑控制型的微波炉，应该避免用湿抹布擦拭薄膜开关。
清除异味可以在一杯水中加入一两滴醋，放在转盘加热一两分钟，即可去除微波炉中的异味。且在日常使用中加热面包、馒头等水分比较少的食物时，应在旁边放半碗水，对于食物新鲜和微波炉的使用都有好处，另外酸碱性过强的食物也应尽量避免加热。
