根据一般经验,热水器的镁棒应该与热水器的容量相匹配,以保证水质和安全。因此,50L热水器应该使用50L容量的镁棒,而40L的镁棒可能会导致镁棒在加热过程中过度烧损,影响热水器的使用寿命和水质。因此,不建议将40L的镁棒用于50L的热水器。