奥迪A6L空调控制面板在车子中控区域的正下方，多媒体机的下方，有AUTO按钮，这是自动空调的开关，通过这个按钮即可开启。为了进一步降低油耗，包括手动变速器车型在内，全新奥迪A6L全系标配了带能量回收功能的发动机启停系统，大幅减少二氧化碳排放，提升了燃油经济性。
相比上一代车型，发动机启停系统的加入使二氧化碳排放平均减少10克/公里，燃油消耗降低0.4升/100公里。一汽-大众奥迪根据之前消费者的反馈，在车内为驾驶者提供了启停系统的控制开关，可以在无需发动机启停系统介入的情况下关闭该系统。手动变速器车型上的发动机启停系统根据离合器踏板的踩踏和释放来启动或关闭发动机。当车辆静止时，驾驶者踩下离合踏板保持数秒钟后，发动机启停系统便会关闭发动机，放开踏板后发动机立即启动。
