《潜伏》的结局凄惨、悲伤而震撼：有情人不能团聚，天各一方。余则成在台湾和晚秋结婚，翠萍和女儿苦苦等待，这种人性的残酷、心灵的煎熬足足把观众折磨得痛苦不堪。
《潜伏》的结局悲壮但很艺术，这种编剧技巧的悲剧强化成为一门高度的艺术性手法，悲壮而美感，残酷但很震撼，这无疑实现了审美的最高境界。
从逻辑上讲，《潜伏》的结局有四种。
其一大悲剧式。
余则成继续在台湾潜伏，与翠萍终生离别，这是一种，也是目前播出版采取的大结局。
编剧其实还可以根据剧情的逻辑发展还有三种选择。
其二大团圆式。
比如余则成加官进爵。余则成成功突围返回解放区，由于和翠萍潜伏有功，获得嘉奖，平步青云升为高管。与翠萍终成眷属。
这种结局可以概括为大团圆式。
其三高大全式。
余则成成为烈士。
余则成是最后一位暴露身份者，在解放前的黎明时刻，壮烈牺牲。翠萍见到余则成痛苦不已。
这种结局可以称为传统式，我们的革命历史题材影视作品见多了这种结局。
其四留白空想式。
给大家空想的空间，在余则成陪同吴敬中飞机离开的那一时刻就结束，在翠萍的遥望中收场。
一对情侣的命运给大家多种猜想的空间。
