该剧讲述了嘉庆年间，以钮祜禄氏出身的两姊妹钮祜禄·如玥和钮祜禄·宛琇为首的一群清廷后宫女人间明争暗斗、尔虞我诈的恩怨情仇的故事[3]。
剧情简介
乾隆晚年间，同为豪门钮祜禄氏出身的两姊妹钮祜禄·如玥（邓萃雯饰）和钮祜禄·宛琇（伍咏薇饰）本应一同参加的选秀。但因如玥病倒，所以妹妹宛琇只好独自一人应选，雀屏中选後不消三年升为淳嫔。按照清例妃嫔的姊妹可免选秀，所以如玥可自由婚配，辗转间如玥成了永琰的妾侍，在永琰即位后更被封为如妃。
宛琇一直认为如玥当年是有心诈病，把自己推给年老的乾隆来逃避选秀，所以对她心怀怨恨，更散播种种有关如玥的流言蜚语，希望能损害她的名声，以达至报复的快感。然而如玥对於宛琇不时造谣损害自己的名声虽感无奈，但明白到宛琇内心的不平衡与自已有著莫大关系，对於妹妹的各种报复行动总是处处包容，并为其善後。直至一民间昆曲戏班被召入宫内表演，而戏班中的风流老倌高流斐（陈豪饰）更被如玥发现宛琇和他经常眉目传情时，为了家族和妹妹的名声，如玥决定要不择手段阻碍二人来往。
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金枝欲孽2 剧照
布雅穆齐·湘菱（蔡少芬饰）是布雅穆齐巴察（何启南饰）的继室，育有三子女，因此被安排入宫担任如妃儿子的乳娘。表面上她安於本份，其实暗地里和丈夫干著私贩情报的事来赚取钱财，她希望藉此能令儿女将来能过著无忧的生活。但想不到湘菱在宫中努力赚钱时，他丈夫却为了私利对湘菱隐瞒其三名子女已在宫外身亡一事，湘菱怒不可遏。加上在如妃特意制造机会令湘菱和流斐接近，由两人互相倾慕发展出一段不可告人的关系。
但如玥万料不到自己故意将流斐推给湘菱的计谋被人得悉，而流斐和湘菱更因此而对她生出报复之心，在种种的互相计算下，三人渐渐陷入了一段纠缠不清的关系之中。
然而想不到宛琇对流斐的情意竟是她为报复如玥而装出来的，其实在她心内一直有著一个在世人眼中疯癫不已的佟吉海（黄德斌饰），虽然两人见面的机会不多，但早已情根早种。虽两人没把此事宣之於口，但吉海甘愿为宛琇冒险，直到身为辛者库奴隶的吉海获得大赦时，两人的爱情终起了大变化。
高流斐和云秋玹（关礼杰饰）是昆剧章和班的当家老倌和当家花旦，但两人却拥有著截然不同的性格。流斐自命不凡，为人桀骜不驯行事我行我素，其实他是既自大亦自卑，戏子在台上和台下身分反差令他极其敏感，所以对於挑衅或轻视自己之人，流斐会全力反击，更不惜利用感情为武器以作报复。
而秋玹则深知戏子的社会地位不高，因此积极的提升自己的昆剧造诣，以求出人头地。表面上对昆剧充满热诚，有著把昆剧发扬光大的理想，其实他只是在审时度势，伺机向上爬，好为自己筹划将来。他心底里对流斐的戏剧天份妒忌不已，而且极不满他恃才傲物的性格，所以入宫後，秋玹向宛琇抹黑流斐，希望借此铲除他，其后更向当时得令的如妃靠拢，希望更获得更大的权力[7]。
