它们之间最大的区别就是构成不同。
配方奶粉为了使奶粉内容更接近母乳构成，改变了里面的酪蛋白为乳清蛋白、饱和脂肪酸为不饱和脂肪酸、乳糖、矿物质等的含量，将蛋白质分解为更小的因子，使之变成适用于有各种特殊体质的宝宝们。而普通奶粉中的牛奶蛋白分子都是完整的，没有经过改造的，适合一般的宝宝们。
配方奶粉与一般奶粉的区别一方面在为了使其更加接近母乳而改变其酪蛋白、乳清蛋白、饱满脂肪酸、不饱满脂肪酸、乳糖、矿物质等的含量，另一方面添加了微量元素、维生素、氨基酸或其他有助于婴幼儿发育的成分。
配方奶粉是为了满足婴儿的营养需要，在奶粉中增加各种营养，使其与母乳相仿。
与普通奶粉相比较，去除了大部分饱满脂肪酸，增加植物油，DHA(二十二碳六烯酸，俗称脑黄金)，AA(花生四烯酸)配方奶粉中还增加了乳糖，含糖量更接近于人乳，降低了矿物质含量，以减轻婴幼儿肾脏负担。配方奶粉又称母乳化奶粉，它是为了满意婴儿的营养需求，在普通奶粉的基础上加以分配的奶制品。
