神舟十二号飞船总长度约9米，最大处直径2.8米，总重量约8吨。
从构型上来说，由轨道舱，返回舱和推进舱以及一个附加段组成。采用的是典型的“三舱一段”式结构。整个飞船按照功能还能分为13个不同的分系统。这13个分系统都是用它的功能来命名的，它们是：有效载荷、结构与机构、热控制、指导导航与控制、推进、电源、数据管理、测控与通信、环境控制与生命保障、乘员、回收与着陆、仪表与照明和应急救生分系统。这些系统分别布置在这“三舱一段”式结构的神舟飞船中，相互分工合作，完成一次太空遨游。
飞船结构
神舟十二飞船主要方案继承二期神舟系列飞船设计，为推进舱、返回舱、轨道舱三舱结构，总长度约9米，总重量约8吨。在轨为三舱飞行，返回前轨道舱、推进舱依次分离，返回舱单舱返回地面，着陆以降落伞减速为主，着陆缓冲发动机配合确保着陆安全。
