神舟十二号与其他神舟飞船外形结构大同小异,皆为三舱布局,分别是推进服务舱、返回舱、轨道舱,飞船长 9 米、返回舱直径 2.4 米,发射质量约 8 吨,额定载员 3 人,同时还有额外 300 公斤上行与 50 公斤下行货物运输能力。