1、生活环境不同。两栖动物成体大多生活在潮湿陆地上。爬行动物多数能生活在干燥的陆地上。
2、皮肤特点不同。两栖动物皮肤粘滑、裸露，有辅助呼吸以及减少水中运动时所遇阻力的作用。爬行动物皮肤干燥，体表有角质鳞片或甲，能防止体内水分蒸发。
3、生殖发育特点不同。两栖动物体外受精，生殖和幼体发育离不开水，幼体发育成成体经变态发育。爬行动物体内受精，陆地上产卵，无变态发育。爬行动物生殖和发育摆脱了水的限制，能真正适应陆地生活。
4、身体分部不同。多数两栖动物成体身体分头、躯干和四肢，无颈部。爬行动物身体分头、颈、躯干、四肢和尾部，头部后是颈部，因此它的头部可以灵活的转动，便于在陆地上寻找食物和发现敌害。
两者之间的不同，就是主要特征不同。两栖动物，幼体生活在水，用鳃呼吸；成体水陆两栖，用肺呼吸。整个发育过程是变态发育，也就是幼体和成体相比，在形态结构和生活习性等方面有着显著不同。
爬行动物体表覆盖鳞片或甲，产大型卵，一般地，卵依靠阳光照射的温度就可以孵化出幼体。可以看出，爬行动物一生完全脱离水限制，是真正的陆生动物。
而两栖类动物，其生殖方式是体外水中受精，体外水中发育，不可能离开水域环境，并且由于身体结构很不完善，皮肤保存水能力差，因而不能远离水环境，只是已经登陆罢了。
