1、含义不同：分子式是用于表示物质的实际组成。化学式是我们为了简便将物质元素组成数约分保留其最简比，化学式是实验式、分子式、结构式、示性式的统称。
2、组成不同：化学式纯净物都有一定的组成，都可用一个相应的化学式来表示其组成(每种纯净物质的组成是固定不变的，所以表示每种物质组成的化学式只有一个。有些化学式还能表示这种物质的分子构成，这种化学式也叫作分子式。化学式仅表示纯净物，混合物没有化学式。分子式有些物质确实由分子构成，在分子内原子间以共价键联结，而分子间以范德华力或氢键联结，这些物质就具有分子式。
3、包含不同：化学式包含分子式，分子式是用元素符号表示纯物质(单质和化合物)的分子组成和相对分子质量的化学式。分子式通常分子晶体有分子式，而离子晶体、原子晶体、金属没有分子式。分子式必须是对于那些含有分子的物质来说的。
含义不同，组成不同，分子式表式组成分分子化合物的原子个数，而化学式也可是分子也可是单质原子，如Na0H是分子，而Au是单质。
