神奇宝贝的故事围绕一位名为小智的年轻训练家展开，他从大木博士那里获得了一只勉强又喜怒无常且不喜欢进入精灵球的皮卡丘。小智离开家乡真新镇，开始在关都地方展开他的旅程。
在赢得皮卡丘的信任后，小智认真地开展他的旅程来挑战各地的道馆，并参加宝可梦联盟。他的旅途中加入了两位良师益友——小刚和小霞。参加石英大会后，小智受大木博士委托启程前往橘子群岛，从内木博士那里取得GS球，小刚暂时留在内木博士那里。
在橘子联盟，小智遇到了宝可梦观察家小建，并与其一同旅行。回到真新镇后，大木博士无法理解怎样打开GS球，所以就把小建留下做助手，派小智、小霞、小刚前往城都地区，把GS球交给桧皮镇的钢铁先生。
在城都联盟的白银大会中，小智再次与必须回家的小霞和小刚告别，重回真新镇的小智想着自己从未到过的丰缘地区，决定为了重新出发，于是只带着皮卡丘前往丰缘地区，踏上了新的旅行。
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