北京大学是光绪皇帝创建的。
1898年6月，光绪帝颁布《明定国是诏》推行“戊戌变法”，诏书中强调“京师大学堂为各行省之倡，尤应首先举办”。7月3日，光绪帝批准了由梁启超代为起草的《奏拟京师大学堂章程》，正式创办京师大学堂。并任命吏部尚书、协办大学士孙家鼐为首任管理大学堂事务大臣（管学大臣），许景澄任中学总教习，美国传教士丁韪良任西学总教习。
9月21日，慈禧太后与守旧派发动戊戌政变，百日维新失败。但是，京师大学堂得以保留。京师大学堂是当时中国最高学府和最高教育行政机关，也有学者认为是中国近代正式设立的第一所新式大学。京师大学堂的建立在中国近现代史上具有划时代的意义，标志着中国近现代高等教育的开端。
北京大学诞生于1898年，光绪帝颁布《明定国是诏》，正式提出要兴办京师大学堂。
同年7月3日，京师大学堂在孙家鼐的主持下在北京创立，最初校址在北京景山东街（马神庙）和沙滩（故宫的东北）红楼（北京五四大街29号）等处。
京师大学堂是中国近代正式设立的第一所大学。1900年，八国联军侵华，打入北京后，京师大学堂遭受破坏。1902年12月，京师大学堂恢复。吏部尚书张百熙任管学大臣。
吴汝纶和辜鸿铭任正副总教习，严复和林纾分任大学堂译书局总办和副总办。创办于1862年洋务运动期间的京师同文馆也并入大学堂。
1904年选派首批47名学生出国留学。 民国元年（1912）5月，京师大学堂更名为国立北京大学，是中国历史上第一所冠名“国立”的大学，严复出任校长。
