九三集团旗下拥有多个分厂，因此对转基因和非转基因的大豆油有不同的品牌。使用“九三牌”和“北大荒牌”的食用油都是非转基因的，而其他品牌可能使用转基因大豆油。然而，近年来九三油脂集团也开始在沿海各地开设工厂，加工转基因大豆油，以应对企业生存危机。据统计，九三集团进口的700万吨大豆中，至少有600万吨为转基因大豆。尽管九三高举非转基因大豆油大旗，其实际非转基因大豆产量不足全部大豆压榨量的10%。
值得注意的是，中国进口的转基因大豆99%都用于榨油。在国内市场上，一般可以看到两种大豆油：一种是标注为转基因大豆油的，另一种是调和油。购买时应注意查看产品标签，如“本品为转基因大豆油，巴西大豆，浸出”等字样。
