1、第5部《名侦探柯南：通往天国的倒计时》
柯南一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩天大楼。而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。
一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋几乎一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士，不久之后第一个杀人事件发生了。
而且，令人不敢相信的是黑衣组织的成员竟然同时也在大楼附近出现，这让人不免联想到灰原哀自从那些日子以来，在深夜里究竟是在跟谁联络。 而柯南的真正身份会被组织发现吗，且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的劝说，双塔摩天大楼的开幕典礼仍按照预定进行。
为了查出这场发生在总楼层高300公尺的高科技摩天大楼的杀人事件真相，柯南将与其宿敌，也就是当初逼迫工藤新一喝下毒药使他身体缩小的凶手——黑衣组织，展开一场史上最恐怖的攻防战。
2、第13部《名侦探柯南：漆黑的追踪者》
以东京为中心发生了6起连环杀人案件。除目暮警部外，还有各县刑警和小五郎参加了调查会议。令柯南意想不到的是，他发现一位会议上的刑警进入了一辆跑车里。
“那辆车……难道是，琴酒的？”“黑衣组织”中的一人潜入了调查会议，并乘琴酒的车逃走了。连续杀人案件是“黑衣组织”搞的鬼吗？危机一触即发！如果让琴酒知道工藤新一还活着的话，不仅会危及新一，还有柯南身边的人。意识到事情危险性的柯南独自开始调查。
扩展资料
黑衣组织是日本动漫《名侦探柯南》中的一个笼罩在神秘色彩中的跨国犯罪组织，自剧情伊始便已经出现。
主角工藤新一因为看到了组织进行非法交易的场面而被琴酒灌下毒药（APTX4869）灭口，却幸运生还，并在药物偶发作用下身体缩小成为小学生模样。他化名为江户川柯南，借住在青梅竹马毛利兰家的毛利侦探事务所，暗中调查黑衣组织。
该组织的真实名称不详，片中一般以“黑衣（黑暗）组织”、“组织”代称，组织的组成结构和目的也不明显。但可以肯定，黑衣组织是一个势力很广的大型犯罪组织，资产雄厚，并且在日本政界、经济界和科学界有很深的人脉。
惯用手法是操控重要人物的生死，再暗中以金钱收买，开发谜样的药物以及足以影响全人类未来的程序。FBI和CIA在多年前就已经介入了对组织的调查。
组织的代表颜色为黑色，其成员都穿着“如乌鸦般漆黑”的衣服（宫野明美语）。除Boss外，主要成员都以酒名作为代号。作者青山刚昌称，有代号的成员基本属于同一级别。
内部似乎有非常严格的纪律，不合格的成员、暴露组织身份的成员和背叛组织的成员都会被很快铲除，做事绝对不会留下丝毫痕迹。而且保密性极强，即使成员之间也未必互相认识（比如灰原哀就未曾听说过基尔等人）。
