与柯南作对的组织是

是黑衣组织。

黑衣组织是一个笼罩在神秘色彩中的跨国犯罪组织，资产雄厚，并且在日本有很深的人脉。惯用手法是在医学界，财经界，科学界吸收一些未来很有前途的人，再暗中以金钱收买。并且聚集大量资金，开发谜样的药物以及足以影响全人类未来的程序。