虽然蚂蟥可以吸血，而且看起来行踪不定，但是在自然界中，它只是食物链底端的存在，在水中，蚂蟥的主要天敌有水蛇、黄鳝、龙虾、蛙类等等，一些啮齿类动物在水边也会捕捉蚂蟥吃。不过，对于蛙类来说，它们与蚂蟥的关系并不是严格的天敌关系，因为有些寄生蚂蟥会寄生在蛙类身上。
除了这些水中的生物外，蚂蟥最大的天敌就是水鸟了，比如潜鸟以及像鸻、雁、鹳等中大型的涉禽，这些喜欢在水边觅食的鸟类都是蚂蟥的天敌，它们的主要食物除了鱼虾外，就是这些水生无脊椎动物了。而它们吃蚂蟥的方式也很简单，只需要整个吞下，消化液就足以让蚂蟥死无葬身之地了。
