山东农业大学拥有12个一级学科博士学位授权点。
据学校官网显示，学校拥有12个博士后科研流动站，12个一级学科博士点，24个一级学科硕士点、2个二级学科硕士点，8个硕士专业学位授权类别；有1个国家重点实验室，2个国家重点学科，2个国家工程实验室，2个国家工程技术研究中心。
山东农业大学学校设有农学院、植物保护学院、资源与环境学院、林学院、园艺科学与工程学院、动物科技学院（动物医学院）、机械与电子工程学院、经济管理学院（商学院）、食品科学与工程学院、生命科学学院、外国语学院、公共管理学院、水利土木工程学院、信息科学与工程学院、化学与材料科学学院、国际交流学院、体育学院、艺术学院、马克思主义学院、继续教育学院和农民学院等21个学院，设置91个本科专业。
