不好说，这主要是看两个公司的注册资金、净资产、现金流、负债率、存货率等。各有各的优势，全民所有制背靠大树有荫凉，实力雄厚，资金比较充沛。
公司制企业在于体制灵活，自负盈亏，有动力、有活力，竞争性强，更富有创新能力。所以公司的好坏完全在于自身的经营模式，竞争能力，盈利能力来决定的。
随着市场经济体制的逐步完善和国际经济环境的逐步成熟，企业都在转型，这种转型可能更切合实践，您说的二者区别，简要陈述如下：
全民所有制企业，属于国有企业之一，
公司制企业范围更广一些，包括所有私企和国企。
关于待遇问题，就一言难定，主要看企业性质，盈利状况、更要看要看你从事什么岗位等问题，如果企业经营业绩不佳，产品滞销，那么薪酬势必会受影响，但是如果您是紧缺、关键岗位薪酬自然也就会高了。这都要看实际情况，
