首先他们之间最大，也最显而易见的区别就是名字。教育部对高校的命名是有明确要求的。比如师范类、医学类、公安类的专科层次的高校名称后缀一般为“高等专科学校”，而其他专业类型的高校校名后缀多为“职业学院或者职业技术学院”。
其次，两者的培养方向有一定区别，高等专科学校更注重文化课教学，学习氛围相对浓厚，而职业技术学院偏重技能培训，学生可以学习一门“技术”傍身。
最后，由于培养方向差异，导致两者教育体系不同，高等职业教育是普通教育体系，依次是高等专科学校，普通本科和学术研究生，而职业技术学院是职业教育体系，依次是职业技术学院，应用技术本科和专业研究生。
两者并无本质区别，只是各自教侧重点有所区别，高职和专科的毕业证书都是国家承认的专科毕业证书，专科更注重理论知识的培养，而高职更侧重学生的动手能力和专业技术的培养。
