马来西亚燕窝和印尼燕窝在加工工艺、燕丝粗细、颜色、口感等方面存在一些区别：
加工工艺。马来西亚燕窝的加工一般以湿挑为主，挑毛工人用湿毛巾将燕窝沾湿，待细丝燕窝充分吸水后再挑毛，挑完后再风干。而印尼的粗丝燕窝一般以干挑为主，直接从燕窝上挑出杂质，再进行风干。
燕丝粗细。马来西亚燕窝一般丝较细，丝与丝之间分离明显，裂隙较多并可以见里层小细丝。印尼燕窝盏外表呈粗丝状粘结，丝丝饱满粗壮。
颜色。马来西亚燕窝颜色偏白，口感比较绵滑。印尼燕窝颜色偏米白或米黄。
口感。马来西亚燕窝更黏稠多汁。印尼燕窝更光滑，更耐嚼。
这些区别主要是由于两个地区的气候环境、燕窝原料的特性以及加工习惯的不同所造成的。
印尼燕窝追求原生态，加工工艺多为干挑，半干挑，少数湿挑，故印尼的燕窝产品，盏型自然，纹路清晰可见，底座自然，囊丝相对完整，缺点是干净度没办法做到很高。
马来西亚燕窝追求干净度，加工工艺多为湿挑，少数半干挑，故马来西亚的燕窝产品，盏型多为模具定型，较为规整。纹路，底座，囊丝相较印尼产品略微不足，优势是干净度很高。
