纤毛在整体结构上由三个部分组成：纤毛本体、基体和纤毛小根。
纤毛小根是由基体发生的微细原纤维，尖端集中成圆锥形束，止于细胞核的一侧，大多数纤毛小根具有ATP酶活性，使其既具有固定纤毛的作用，又具有收缩的功能。此外，在基体的一侧，由2个或3个三联体上伸出由微丝组成的致密的突起物，称基底足。这些突起物与纤毛的摆动方向有关。
纤毛由中央轴纤丝、围绕它的质膜和一些细胞质组成。
纤毛从一些原核细胞和真核细胞表面伸出的、能运动的突起。鞭毛较长，数目少；纤毛与鞭毛有相同的结构，但较短，数目多。
纤毛和鞭毛由 3个主要部分组成：中央轴纤丝、围绕它的质膜和一些细胞质。轴纤丝从纤毛或鞭毛底部的基粒直达顶端，为一束直径约220～240埃的微管，在基粒底部，则集聚成圆锥形束，深入到细胞质中。
轴纤丝横切面的微管排列是9＋2式，即中心有一对由中央鞘包裹着的微管，外围环绕以两两连接在一起的 9 组微管二联体。
基粒的结构象中心粒一样是9＋0型，但它的 9组微管是三联体。纤毛或鞭毛二联体中的微管，就是从基粒三联体中两根微管延伸出来的。
