太平岛的淡水来源是地下水。太平岛属热带海洋性气候，温度常在摄氏21至35度之间，自然环境良好，所以岛上植被茂密、绿树成荫。岛上雨季时间长，雨量也很充沛，大量的雨水都被植被吸收储存在地下，成为地下水。
太平岛的淡水主要来自岛上的自然降水以及岛内地下水。因为太平岛远离台湾大陆，没有自来水管线连接。岛上的淡水主要来源于天然的降雨和水源地下水。为了满足居民和驻军的生活需求，岛上还建有几座淡水井，从地下抽取淡水供应使用。
除此之外，太平岛也建有一个淡水处理单元，对收集的雨水和地下水进行处理和消毒，以保证饮用水的卫生安全。
