在常温下，柠檬蜂蜜水可以放置两三天左右。如果想要保存得更久，就必须把它放在冰箱里，并且必须把它密封起来。自制蜂蜜柠檬水放在冰箱里的话可以保存一个月左右，而在冰箱的冷藏室中可保存3个月之久。因此，建议在制作柠檬蜂蜜水时，选择玻璃罐密封保存，并在冰箱中保存以延长其保质期。
常温下4个小时，冰箱中冷藏保存1天左右。泡好的蜂蜜柠檬水要尽快喝，不然很容易变质发霉。最好用新鲜柠檬泡水，这样泡出来的水口感会更好一点。在泡水的时候，要把柠檬的籽去掉，不然泡出来的水口感会比较苦，而且不要用热水泡蜂蜜柠檬水，不然会破坏蜂蜜里的营养物质。
