起始密码子有两种，一种是甲硫氨酸（AUG），一种是缬氨酸（GUG），而终止密码子（有3个，分别是、UGA）没有相应的转运核糖核酸（tRNA）存在，只供释放因子识别来实现翻译的终止。
起始密码子是翻译时开始的地方,终止密码子是翻译结束的地方。核糖体只有遇到起始密码子时开始翻译,遇到终止密码子停止翻译。
mRNA上的碱基顺序每3个碱基用解读框架划分开，可决定其所生成蛋白质的氨基酸顺序，为了使碱基顺序作为遗传信息能正确转译，通常需要从某个特定的位置开始转译。这个起始点的密码子就叫做起始密码子。起始密码子是定位翻译开始位置的信号标记。AUG 少数细菌（属于原核生物）以GUG(缬氨酸)或UUG为起始密码子。蛋白质翻译过程中终止肽链合成的信使核糖核酸(mRNA)的三联体碱基序列。一般情况下为UAA、UAG和UGA，它们不编码氨基酸。
