黄芪长到第3年便可以收获。收获过早，黄芪质量差；年久不收，极易黑心或木质化。
一般2-3年采收，生长年限过久可产生黑心，影响品质。一般9月中下旬采收为佳。用工具小心挖取全根，避免碰伤外皮和断根，去净泥土，趁鲜切去芦头，修去须根，晒至半干，堆放1-2d，使其回潮，再摊开晾晒，反复晾晒，直至全干，将根理顺直，扎成小捆，即可供药用。
质量以条粗、皱纹少、断面色黄白、粉性足，味甘者为佳。正常年份每667平方米可产干品300kg左右。为了保护好野生资源应适当限制采刨，采刨季节应在种子成熟落地之后，严禁采挖幼株。为了扩大资源应大力发展种植或者人工播植幼株，然后保持半野生状态，直到采收。
