《伤寒杂病论》自序称全书共16卷，但与史载卷数不一致。从王叔和 整编后八个世纪，到宋代经过“校正医书局”考订后，分为《伤寒论》与 《金匮要略》二书，流传至今。该书：
第一，系统化了中医临证学。
《内经》多属于基本理论，其临证治疗大部分是针炙。《伤寒杂病 论》的临证内容则十分系统，而且大大超出了《内经》。 例如，《内经》 把热病的病程归结为12天，一天传一经。
《伤寒论》也肯定“传变”， 但时间和次第，并不死板：有传、有不传、有循经传、有越经传、还有直 中。有一经病、有二经病、三经病、有合病、并病、坏病等，更加符合实 际。
该书基本内容分两大部分：其伤寒部分，总结有397法，113方。
开辟 了热病学（传染病学）的道路；其杂病部分论述了内、外、妇各科40余种 病，实际方剂有176首（除去重复和只有方名者，为后世分科发展奠定了基础）。全书用药200余味，这在汉代是很高水平的临证全书了。
第二，基本确立了辨证施治原则。
辨证施治是中医学一大特色，是理法方药统一规律的概括。 《伤寒杂 病论》一书，基本上体现了辨证施治的模式。例如：
四诊察病：《内经》对疾病有时侧重从症状或脉象下诊断。
《伤寒杂 病论》则通过大量实践经验运用了脉证合参，发展了诊法。
八纲辨证：如《伤寒》第七条，《金匮》第三篇等，都区分了阴阳的 病型；《金匮》第一篇区分了表里的部位；《金匮》第四篇区分了寒热的 征象；《伤寒》第七十条着重了正邪的虚实。
阴阳表里寒热虚实，在该书 中运用的很成熟了。
六经分证与脏腑分证：伤寒感外邪，所以按六经分证，阳经由表及 里，阴经由实而虚，符合临证实际。杂病多属内伤，所以脏腑分证更有意 义。
治伤寒以袪邪为主，治内伤以扶正为主，不同分证，有各自的临证价值。
八法治则：该书运用了八法。 如治伤寒重在攻邪，故以汗、吐、下为 主，也有温、利、和，如第277、381、387各条。
治杂病则多用补法。该 书的八法与现在所说的八法只有一项差别，即现在的“消”在该书中是 “利”。
总之，表证用汗法，里证用下法，虚证用补法，实证用泻法，热证用 清法，寒证用温法等，该书是十分明确的。
该书也有局限：如伤寒传经理论还有某些机械论，关于不可用“本命 肉”之类的论断都是不科学的。
