1.体积小、比表面积大：微生物的大小以μm计，但比表面积（表面积/体积）大，必然有一个巨大的营养吸收，代谢废物排泄和环境信息接受面。这一特点也是微生物与一切大型生物相区别的关键所在。
2、吸收多、转化快：这一特性为高速生长繁殖和产生大量代谢物提供了充分的物质基础。
3、生长旺、繁殖快：生长繁殖率极高，如大肠杆菌在20-30分钟内分裂一次，如果连续分裂，48小时内2.2*10^43个细菌数量增加，营养消耗、代谢积累和限制生长速度。这种特性可以在短时间内将大量的基板转化为有用的产品，缩短研究周期。还有一些缺点，如疾病、粮食霉变。
4、适应强、易变异：极其灵活适应性，对极端环境具有惊人的适应力，遗传物质易变异。更重要的是在于微生物的生理代谢类型多、代谢产物种类多。
5、分布广、种类多：分布区域广，分布环境广。生理代谢种类繁多，代谢产物种类繁多，代谢产物种类繁多。更重要的是，微生物有多种生理代谢和代谢产物。微生物可以在其他有机体生存的任何环境中发现，而微生物也可以存在于其他有机体无法生存的极端环境中。
6、 易于变异，产生突变：微生物由于其体积小、比表面积大，易受环境条件的影响。在紫外线辐射、生物诱变剂和环境中的一些营养因子的变化中，微生物自觉地、强制性地改变其遗传结构，导致变异。据统计，在自然条件下，微生物个体变异的概率是百万分之一。
